吉林农业大学于1956年建立了农业生产机械化系，1959年开始培养本科生，1985年更名为农业工程系，1994年经吉林省教育厅批准成立了工程技术学院。1985年获批“农业机械化”硕士学位授权点，2001年获批“农业生物环境与能源工程”二级学科硕士学位授权点；2005年获批“农业工程”一级学科硕士学位授权点；2011年在农业工程一级学科下获批自主设置“机械制造技术”二级学科硕士学位授权点。2020年在作物学学科下增设农艺农机学与智能化技术博士二级学科。目前学院有农艺农机学与智能化技术博士二级学科、农业工程一级硕士学位授权学科含农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业水土工程、农业电气化与自动化和机械制造技术等5个二级硕士学位授权学科，有工程硕士（农业工程领域）、农业硕士（农业工程与信息化技术领域）2个专业硕士学位授予权。
历经60余年的积淀，工程技术学院形成了以农业机械化装备与保护性耕作技术、农业信息化技术、新能源开发利用和设施农业环境优化控制技术等为优势特色的教学科研和人才培养的方向。学院设有农业机械化及其自动化、农业建筑环境与能源工程、新能源科学与工程、机械设计制造及其自动化、交通运输、自动化等6个本科专业。设有1个校级工程训练中心，6个一级实验室，42个二级教学和科研实验室，实验室面积达7000余平方米，仪器设备价值2700余万元。学院有4门省级优秀课程，2个省级实验教学示范中心，3个校级实验教学示范中心，1个省级卓越工程师培养计划试点专业，4个校级优秀教学团队。学院现有在籍本科生1400余名，硕士研究生100余名。学院现有教职工89名，其中专业教师59名，实验技术人员11名，教学管理人员3名，学生工作管理人员5人。教师队伍中，有教授10名，副教授22名，获得博士学位的29名，硕士研究生导师25名，校教学名师2名，长春市师德标兵1名，省级教学名师1名。
“十三五”以来，学院教师主持和参加国家、省部级各类科研项目40余项，获专利30余件，在国内外学术刊物上发表论文460余篇，编写教材及公开出版物40余部。学院坚持“以服务地方经济建设和社会发展为己任”的办学理念，大力推进以提高教学质量和学生综合素质为核心的教育教学改革，并坚持宽口径、厚基础、强能力、高素质、复合型的育人方向。60多年来，为社会培养和输出高级专业技术人才12000余名，毕业生一次性就业率达90%以上，为我国农业工程事业做出了积极贡献。
学院坚持科技为地方经济建设服务的方针，以农业机械化科技示范区建设为起点，走出了一条“把论文写在大地上”的科教服务之路，科教兴农工作多次受到吉林省政府的嘉奖。学院积极实施开放办学战略，全面提升国际化水平，立足吉林，放眼全球，不断拓展办学空间，先后与美国、日本、加拿大等国家的多所高校和科研院所建立了交流合作关系。学院参加建设了国家首批援非农业技术示范项目——赞比亚农业技术示范中心。
