汕头大学高等教育研究所成立于 1986年，是广东省最早的两个以高等教育为研究对象的研究机构之一，首任所长是广东高等教育学会原副会长黄宇智研究员。从1994年9月至2003年12月，著名教育家潘懋元教授作为本学科的带头人和名誉所长，为汕头大学高等教育学学科建设倾注了大量的精力，每年有近一半的时间为本学科工作。从1995年开始，本学科与厦门大学联合培养硕士研究生，设置高等教育理论与管理方向，并于1997年成为高等教育学硕士授权点。到目前为止，已经有七届近20位高等教育学专业的硕士研究生走上工作岗位或进一步深造，此外先后还有100多位来自广东省各高等学校的高等教育（管理）学硕士课程班的学员在本学科点结业。
建所以来，得到广东省高教厅增拨专款和人员编制的支持。 多年来，本所的学科建设不断深化并已逐步形成特色，现已形成了以大学课程与教学理论及管理为主干，以多元办学体制与民办高等教育、高等教育政策与社会发展、人工智能与认知心理学等为支撑的高等教育学学科研究方向，并突出了高等教育学这一门学科的应用属性，取得了丰硕的成果。尤其是大学课程与教学研究，在国内居于领先地位；作为国内最早开展民办高等教育研究的学科点，也对我国民办高等教育的研究起到了积极的推动作用。目前本学科在原有研究的基础上，充分利用综合大学的优势，在依托单位高等教育研究所的基础上，拓展研究领域，将教育经济与管理研究中心、公共管理学系、人力资源开发与管理中心、大学生心理卫生中心、基础医学（医学教育）博士后流动站等学术与咨询机构进行整合，共同进行研究和研究生的培养，已形成一个多学科研究高等教育的格局。学科水平在广东省始终位于前列，是广东省重要的高等教育研究基地和高等教育研究人才的培养基地。
现研究队伍中有 7位教授（研究员），7位副教授(副研究员),其中多数为具有博士学位的中青年教师，形成了以学术带头人、研究骨干、主要研究合作者、稳定的学术交流合作单位、博士后研究人员和硕士研究生参与的学科梯队。本学科还与北京大学、清华大学、厦门大学、华中科技大学、中山大学、香港大学、香港中文大学等海内外名校的学术机构有广泛而深入的合作，对提升本学科的水平，促进高等教育学学科建设已经产生了明显的效果。本着“立足广东，面向全国，密切联系东南亚和港澳台，加强队伍建设，重视人才培养，激励科学研究，促进学术交流”的指导思想，本学科点在教学科研中不断取得新成果，并形成了自己的研究特色。
