飞行器工程（航空发动机）学院是在原机械工程系、航空与机械工程学院的基础上逐步发展建立起来的。2009年6月，根据学校学科发展及专业设置的需要，由原航空与机械工程学院 “飞行器设计工程系”、“飞行器动力工程系”、“飞行器制造工程系”的航空维修技术与工程方向、大学生航空文化教研部和原土木建筑学院“力学教研部”、“力学实验中心”、“ 实验力学研究室”组建飞行器工程学院。2013年新增飞行技术专业，培养飞行学员。2017年8月，中国航空发动机集团与南昌航空大学签订战略合作协议，成立航空发动机学院，和飞行器工程学院合署办公，学院更名为飞行器工程（航空发动机）学院，招收飞行器动力工程专业（航空发动机方向）本科生。2018年9月，为适应江西省航空发展需求，“飞行器制造工程专业（航空维修技术与工程方向）”和飞行技术专业从学院分离出去，组建通航学院。飞行器工程（航空发动机）学院保留原有的“飞行器设计工程系”、“飞行器动力工程系”、“大学生航空文化教研部”、“力学教研部”、“力学实验中心”、“ 实验力学研究室”。
目前学院设有1个一级学科学术硕士点（航空宇航科学与技术），5个二级学科学术硕士点（航空宇航推进理论与工程，飞行器设计，工程力学、人机与环境工程、航空噪声与振动工程），2个专业学位硕士点（航空工程，航天工程）；其中航空宇航科学与技术获批江西省“一流成长学科”；2个本科专业（“飞行器设计与工程”、“飞行器动力工程”）。建有“江西省微小航空发动机”省级重点实验室。下设“飞行器动力工程系”、“飞行器设计工程系”、大学生航空文化部及力学教研部”等4个系部；“力学实验中心”、“飞行器综合实验中心”、及“力学研究中心”等3个研究中心，此外，还与国内相关行业的多家航空企业与研究机构建立了合作研究关系。
学院师资力量较为雄厚，拥有专职教师45人，硕士、博士学位教师占88.9%以上。其中正、副教授22人，硕士生导师22名（其中外聘8名），5人入选江西省各类高层次人才计划。学院还聘请了10余名国内外知名学者、专家为兼职/客座教授。目前在院全日制本科生691人，研究生83余人（含在职研究生）。留学生本科生136人，留学生研究生5人。
学院结合学校和地域优势，不断探索、谋求发展，取得了丰硕的成果。近5年来，承担国家级科技项目15项，省部级项目16项；申请发明专利33余项，授权发明专利10余项；发表论文260余篇，其中SCI/EI收录 论文100余篇； 出版教材、论著11部；科研到账4000余万。在航空发动机封严环研制、航空发动机结构强度、无人机研制等领域取得了一批国内领先、推广价值重大的成果，同时在相关领域形成了自己的特色与优势。
学院已向社会输送了近4000名本科生和研究生，并接受国外留学生。学院始终把提高教学质量放在首位，坚持教学改革与研究，倡导勤奋、严谨、求实、创新的教风、学风，促进学生健康成长、科学成才。毕业生具备较强的社会竞争力，受到用人单位的欢迎与好评，许多毕业生已成为航空航天及相关行业的专业技术人才。
学院成立以来，切实遵循“日新自强、知行合一”的校训，始终坚持“一心一意育人才，千方百计谋发展”的办学理念，坚持人才培养工作中心不动摇，坚持教学、科研协调发展不动摇，重视学生“知识、能力、素质”培养和锻炼，为江西地方和航空航天及国防工业培养了大批专业技术人才。
